Entre las muchas preocupaciones de Al-Farabí destaca, en primer lugar, su intento por probar una cierta concordancia entre el pensamiento de Platón y Aristóteles. Pese a sus evidentes diferencias, el filósofo turco concedía que se trataba de meras discrepancias accidentales, y para demostrarlo llegó incluso a comparar texto a texto.

La aparente contradicción es producto, según él, de dos causas identificativas: 

1) conducta personal, por cuanto Platón se muestra como un asceta ajeno a preocupaciones terrenas, mientras Aristóteles es un hombre de calle; sin embargo, ambas formas de vivir responden a sus propios caracteres, y la del estagirita no es más que la aplicación práctica, en sociedad, promulgada por su maestro; y 

2) método, sintético (y más claro) en éste último, y analítico (y más oscuro, con tintes míticos) en aquel, si bien el ateniense emplea el mito para ocultar la sabiduría a los indignos, mientras que la sencillez aristotélica se pierde en cuanto profundizamos en su significado. 

Dicha contradicción descansa, asimismo, en cuatro aspectos filosóficos básicos, como son: 

1) Lógica, ya que ambos discrepan acerca de cómo lograr una definición perfecta, o en qué consiste un silogismo y cómo lograr conclusiones adecuadas, aunque Al-Farabí cree que ambas posturas son conciliables en último término; 

2) Epistemología, dado que Platón admite la existencia del Mundo de las Ideas, mientras que Aristóteles la niega. Esta es una dificultad importante, pero el filósofo de Bagdag la resuelve modificando a Platón hasta el neoplatonismo, y acercando al estagirita hasta Plotino, de forma que ambas visiones acaben convergiendo, pese a sus innegables diferencias. 

Otra complicación es cómo tenemos noticias de las ideas si no existen en este mundo; Al-Farabí no aclara este punto, toda vez que duda entre conceder o no plena inmortalidad al alma. 

Además, si el conocimiento es mero recuerdo, ¿qué papel juega la memoria?; Al-Farabí concluye que la doctrina platónica es una tesis que explica la función de la memoria en el conocimiento, mientras que Aristóteles aceptaba dar entrada para la génesis del conocimiento tanto a las sensaciones como a datos de la memoria; 

3) Metafísica, en primer lugar, la doctrina de la visión; según Platón vemos debido a la emisión de algo que brota del ojo y que se encamina hacia el objeto. Para su discípulo, en cambio, es el ojo quien sufre una influencia por parte del objeto. Aunque Al-Farabí ve en ambas posturas una cierta afinidad, la diferencia es insalvable. 

Y, en segundo lugar, Platón negó la eternidad del mundo, pero Aristóteles la afirmó; así pues, la única forma que tiene el filósofo iraquí de superar esta contradicción es negando la tesis aristotélica y otorgándole una creación del mundo a partir de la nada; y 4) Filosofía Práctica, según Platón las aptitudes naturales son más importantes en la conformación de nuestra personalidad que los hábitos adquiridos, mientras que el estagirita opina justo lo contrario; para Al-Farabí, empero, Platón señala sólo la dificultad de desarrollar nuestras capacidades naturales, y Aristóteles tiende también a afirmar que la educación no lo es todo y que debe respetar el modo de ser de cada individuo; nuestro filósofo, por su parte, asegurará que el niño tiene una potencia receptiva casi total, siendo el papel de su constitución natural muy secundario; ésta tendría un caracter únicamente potencial, actualizable sólo por medio del ejercicio en acto de sus hábitos. 

Dentro del apartado epistemológico, Al-Farabí destaca como el mayor grado de saber el correspondiente a la metafísica, ciencia que estudia el ser en cuanto tal, los principios de las ciencias y el ser que no es cuerpo ni está presente en cuerpo alguno. El concepto de ser aparece como ser contingente o causado, y el ser necesario por sí mismo. 

Éste último es puro, el único ser necesario, no tiene causa, ni materia que lo forme, ni fin; es el bien puro, pensamiento puro y amante puro, de modo que puede identificarse con Dios. 

Al-Farabí señala las vías que dirigen hacia la demostración de Dios: 

1) todo ser recibe su existencia de otro, en una cadena que debe terminar en el ser primero; 

2) los seres contingentes deben recibir su existencia del único ser necesario; 

3) todo ser posible en potencia se actualiza por el ser acto puro; y 4) todo efecto que no existe por su propia naturaleza debe proceder de una causa extrínseca (Dios). 

El ser primero está desprovisto de las imperfecciones propias de los seres contingentes, de modo que no puede definírsele o describírsele correctamente, pues su grandeza está más allá del género o la especie; es, al mismo tiempo, presente y oculto, y su existencia desborda nuestro intelecto, por lo que sólo podemos tener una idea de Él aproximada. 

Dios es vida absoluta, y es pura contemplación. Las cosas creadas son buenas en lo que poseen de uno (del ser) y deficientes en lo que poseen de múltiple; a mayor multiplicidad, mayor deficiencia. 

Por ello, Al-Farabí afirmará que el mal, inevitable en la conformación de las cosas, es necesario y hasta beneficioso, puesto que, sin mal, no habría bien en las cosas creadas, en el mundo terrestre que pisamos. La causa del mal no radica en el uno divino, sino que, como se produce de la multiplicidad natural del primer creado, su causa se reduce a dicha multiplicidad, por lo que la causa del mal no procede de Dios.