En junio de 1982, Israel, temeroso del auge sirio, invadió Líbano. Hacia mediados de agosto, tras la mediación estadounidense, los combatientes de la OLP accedieron a abandonar Beirut y muchos fueron evacuados a otros países. Más tarde ese mismo mes, con las tropas israelíes rodeando Beirut, el Parlamento libanés eligió como presidente Bechir Gemayel, tras su asesinato en septiembre, se eligió a su hermano Amin Gemayel para reemplazarle.

Israel asesino a 1.000 palestinos en los campos de refugiados de Sabra y Shatila, en la parte ocupada por Israel en Beirut Occidental, con ayuda de unas milicias financiadas por Israel. Por esta causa los israelíes se retiraron al sur del Líbano, y en Beirut se estableció una fuerza de paz internacional. Los musulmanes tenían sospechas respecto a las unidades occidentales que apoyaban a un gobierno liderado por cristianos; después de que más de 300 soldados estadounidenses y franceses murieran en un atentado el 23 de octubre de 1983, las tropas occidentales se retiraron en febrero de 1984.

En el vacío de poder resultante, continuaron las luchas entre facciones hasta que en 1985 los israelíes se retiraron dejando una “zona de seguridad” en el sur controlada por sus aliados cristianos, el Ejército del Sur del Líbano (ESL). El partido Hezbolah (Partido de Dios) respaldado por los iraníes y los sirios luchó por esta zona con el ESL, habiendo rechazado un acuerdo de paz, auspiciado por Siria, en diciembre de 1985. Los israelíes siguieron haciendo incursiones contra las instalaciones de la OLP en el sur, y un deterioro de las condiciones en Beirut llevó a las tropas sirias a ocupar el sector musulmán en 1987 para terminar con la enemistad entre los libaneses y musulmanes pro palestinos.

Debido a la fuerte resistencia de Hezbollah frente al ejército de Israel y las facciones libanesas que lo apoyaban, consiguió su propósito en 1985. Cansado de una guerra sin fin, en la que había sufrido numerosísimas bajas, Israel retira sus tropas, aunque conservan una Franja de Seguridad en el sur del Líbano. Pero Hezbolah siguió su lucha contra la e cubación israelí del territorio libanes en el sur del país.

En 1989, Hezbolah comienza a entrar en la vida política de su desgarrado país. Todos los partidos (que representan a las distintas facciones), firmaron un acuerdo para poner fin a la Guerra Civil Libanesa que sufría El Líbano, la cual Hezbollah no fue parte de ella, ya que la lucha del partido era contra Israel y sus aliados. Esto hizo que Hezbolah se presentará a las elecciones, el resultado ha sido que su número de representantes ha ido creciendo de manera exponencial, hasta ser el más votado.

Cuando el mandato presidencial de Gemayel expiró en septiembre de 1988, nombró al general cristiano Michel Aoun para encabezar el gobierno. Como los dirigentes libaneses eran incapaces de encontrar un nuevo presidente, las facciones enfrentadas establecieron sus propias administraciones. En octubre de 1989, los negociadores libaneses, reunidos en Arabia Saudí, aceptaron reformar la Constitución de 1926 que daba el poder a los musulmanes; Aoun rechazó el proyecto, amenazando con la partición permanente del Líbano. El 5 de noviembre, el Parlamento, mayoritariamente musulmán, ratificó esta reforma y eligió presidente a René Moawad. Fue asesinado 17 días después, y el Parlamento eligió en su lugar a otro maronita, Elias Haraui.

En octubre de 1990, las tropas sirias asentadas en Beirut Oriental, derrotaron a las fuerzas leales a Aoun. Posteriormente el ejército libanés, respaldado por Siria, recuperó el control sobre una gran parte del país, desarmó las milicias y expulsó a la OLP de sus plazas fuertes al sur del Líbano. La guerra se había cobrado la vida de más de 150.000 libaneses desde 1975.

Desde el 11 al 27 de abril de 1996 el ejercito israelí comenzó una operación militar contra el Líbano llamada "Uvas de Ira" con el propósito de acabar con la resistencia de Hezbolah, y gracias a la firmeza de los combatientes de la resistencia, se logró el denominado “Entendimiento de Abril”, considerado por la resistencia un marco propicio para salvaguardar a los civiles fuera del campo de batalla., ya que en esta misma operación tuvo lugar la matanza de Caná en la que el ejercito israelí ataco un puesto de la ONU en el que se encontraban refugiados civiles y la mayoría de ellos eran niños.

El 25 de mayo de 2000 la Resitencia Libanesa logró la expulsión de las fuerzas de ocupación israelí del Líbano como resultado de grandes sacrificios a lo largo de casi 20 años en la cual participaron varios movimientos políticos de resistencia. Este histórico acontecimiento fue declarado por el gobierno libanés como Día de la Resistencia y la Liberación que hoy se festeja en el Líbano en actos populares y gubernamentales.

La ocupación del sur de Líbano fue costosa para Israel. El primer ministro israelí Ehud Barak prometió la retirada en las elecciones de 1999, y posteriormente anunció que tendría lugar en julio de 2000. Un mes y medio antes de este plazo, después de deserciones del Ejército Libanés del Sur y del colapso de conversaciones potenciales con Siria, Barak ordenó una caótica retirada de Líbano, que sorprendió a muchos. A las tres de la mañana del 24 de mayo de 2000, el último soldado israelí abandonó suelo libanés y cerró tras de sí la puerta en la frontera de Fátima. Muchos predijeron que el desorden, la violencia sectaria y el caos llenarían el vacío dejado por las fuerzas israelíes de ocupación y el Ejército Libanés del Sur, que se derrumbó rápidamente tras la partida de Israel. Estas predicciones resultaron ser falsas ya que Hezbolah mantuvo el orden en la región fronteriza.

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