El guatemalteco fue uno de los más importantes casos de genocidio en el siglo XX cuando, durante los años 80 y en plena guerra civil, se perpetraron masacres contra comunidades mayas ixiles radicadas en el país, en la región petrolera de Franja Transversal del Norte, al norte del Departamento de El Quiché.
Estos grupos se encontraban desarraigados debido a la prolongada guerra civil guatemalteca y se dirigían al norte del país en busca de asilo en México, acosados por los militares en el poder. Tras una política de 'tierra quemada' que terminó con los terrenos de estos grupos indígenas, el general Efrain Ríos Montt, presidente de Guatemala tras un golpe de Estado, continuó con su campaña contra los indígenas mediante la llamada 'Operación Sofía'.
El objetivo de esta medida era destruir pueblos enteros de mayas, donde supuestamente se escondían los guerrilleros, o al menos este era el pretexto. Durante los 18 meses que Montt estuvo en el Gobierno unos 100.000 murieron asesinados y 500.000 se vieron en la desolación total, sin casa ni posesiones, ya que sus pueblos habían sido arrasados completamente por el Ejército y la Patrulla de Autodefensa Civil (PAC).
El asesinato no era la única practica habitual contra las comunidades mayas. Se llevaron a cabo violaciones de mujeres y niñas ixiles, hubo cientos de torturas y desapariciones y se congregó a esta etnia a estar recluida en campos de concentración, eufemísticamente llamados 'polos de desarrollo'.
A pesar de los duros datos sobre la eliminación sistemática de población maya ixil, existen autoridades como el expresidente de Guatemala Otto Pérez Molina, que aseguran que lo que aconteció en Guatemala fue un conflicto armado interno, pero sin exterminio por motivos de raza.
Los tribunales han dado la razón a aquellos que consideran que no fue una situación habitual de guerra, sino que hubo voluntad de eliminar o mermar a la población maya por motivo de su etnia y existen responsables de esos sucesos que ya han sido condenados por genocidio.